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Tracking the genomic evolution of esophageal adenocarcinoma through neoadjuvant chemotherapy7 X# E4 h; ~7 o! ^
Cancer Discov. Aug 2015
: W5 l- t" i# `* W摘要 " o! p5 B( Q% P X" U3 K3 E- {8 R
1.文章展示了食管腺癌(EAC)的进化频谱,表现为复杂的驱动突变、平行进化以及基因组加倍
5 x) Q" }3 w* M& {2.阐明异质程度与新辅助治疗(NAC)疗效的相关性:异质性低的宿主,NAC疗效更好 4 e% f6 u+ L+ }6 F' M
3.多部位测序(M-seq)显示:CTT区域的T>G突变随着肿瘤进化显著减少;含铂的NAC会增加CpC区域的C>A突变 * T4 ]" i$ r6 c" B
4.基因组不稳定性是EAC进化的早期事件,会导致化疗过程中产生可靶向的原癌基因扩增,为未来的治疗方案提供理论基础 4 s% X4 P, A+ l7 t% [9 e% ^
背景
w: E# z/ z! j* W& @ w. k: j1.食管癌预后不良,过去20年EAC在西方国家的患病率显著上升 6 U3 T8 z$ v2 _# E# Y2 o5 {
2.手术前NAC治疗能够改善患者预后,但是50-60%的肿瘤对治疗耐药
1 z- w5 _% b; r M D3.对单个肿瘤多部位的M-seq数据进行进化分析,可以区分存在于所有部位的早期突变
7 E2 C0 Z' |- f$ U0 y8 t
: ]# L: `. e" g4 m X6 SMulti-tumor regions s& E* M' d- H9 W3 ~$ }% C
方法
7 c) k- ?! e8 ^
; G" ?, j$ }2 g" `# G
结果——体细胞突变的瘤内异质性4 y5 w9 B, D7 H1 B* H* \
以EAC005患者为例
# z( R, g( M/ `! U对NAC前后的突变频谱进行进化分析(parsimony ratchet method),可将突变分为四类: ! h5 r. D9 i; \' R) L
1.主干(蓝色,ubiquitous)突变:存在于肿瘤组织的所有部位 7 z0 R9 m: t& C! ]4 J
2.共享(橙色)突变:存在于1个以上的部位中 - t0 {6 o# _& F: {6 a
3.NAC前的独有(红色)突变:仅存在NAC前的1个部位
9 O8 ^9 y& [# `4 k4.NAC后的独有(绿色)突变:仅存在NAC后的1个部位
3 \9 ^. K' \/ W) x. b/ P& M. q后三类均属heterogenous突变 5 o1 N4 k6 [4 l6 n( q+ a
5 D4 r, I8 W7 c0 j' [" f+ m" I其余7例患者的进化分析 , _. t# F- Z2 K- W
8 b+ j2 C. M+ }3 m5 u7 @% t/ G% J, g异质程度与新辅助治疗(NAC)的疗效相关:化疗前异质性越低的宿主,NAC疗效越好。 9 o; R/ D' V2 O. {0 G1 ?* [
' g2 Y* Z6 q* y5 t" {6 a) Y9 `
为了定量分析肿瘤细胞中的SNVs,作者整合了三个变量(拷贝数,VAF和肿瘤负荷)来计算Cancer Cell Fraction (CCF),并且将SNV进行聚类。 * w- i* R9 c4 k8 X7 u3 D
! [, ~7 R* f- h& g2 u结果显示:
- ?2 G6 K t0 W0 v/ Z' ?6 r1.单一部位取材不能准确分析克隆频谱,因为一些热点突变仅存在于某个部位且显示出高CCF,如EAC001患者中的SLC39A12 pA44E突变
6 o( P/ `7 s! S2.通过不同部位的共享突变位点个数,可以判断部位间的空间距离,如EAC001患者的R2离R1比R4更近 " B2 V8 x1 o& t* u
3 Q* d% v) N h6 p/ g1 qM-seq结果还显示EAC样本中还存在大量的拷贝数变异
1 T/ z9 U3 f( a# g9 j8 T1.超过40%的变异来自于扩增(A),说明基因组扩增是肿瘤进化的早期事件
1 o' D( u5 \, t6 P9 Z2.通过与TCGA中ESCA的数据进行比对,发现有15个片段在至少一个肿瘤中存在扩增。这些片段大多对应可作为靶点的原癌基因。 * O) _: K" q: M9 {1 P$ d
结果——突变频谱的时空解析 ' \! S3 t3 ` O6 q
% {) w* a) T& ]' L! E8 H0 b( NTrunk代表早期突变;Branch代表晚期突变 : |3 H% s- {5 _3 ^
结果显示: T>G突变随着肿瘤进化显著减少
$ u- U& D4 Q$ J$ f; M+ b# y
" v! m' V3 T7 P, ?- m
接受含铂药物的NAC治疗会产生特异的分子标签, C>A突变增多 3 M5 G, `% X \5 D/ l4 m1 l
, W r- n- h6 I' Z0 f3 L; ?本文从时间(新辅助前后)和空间(多部位测序)两个维度对食管癌的分子进化图谱进行了阐述和解析。
0 u% V4 ~- L5 A1 {2 n2 E+ K讨论4 S5 r; \/ L3 f
1.EAC的单样本检测会低估肿瘤异质性和突变负荷。虽然M-seq检测到的总突变中位数远高于单个部位检出的突变,但仍然只检到肿瘤的局部
. g2 v9 x6 M$ @6 P& J2.基因组扩增和TP53、CDKN2A等抑癌基因的突变是EAC的驱动事件
$ r; ^& g5 `0 l* a" k1 }" @, t5 l* k2 _3.原癌基因的扩增普遍存在且不受含铂药物的干扰,但有可能成为新药物靶点
& w3 [4 w& x9 B; w# p# m @4.NAC的纵向实验可能进一步解析瘤内异质性与细胞毒反应及复发的关系,用来预判治疗耐药以降低治疗的医源性影响 # P6 G) N' J# L/ u8 x6 p$ h
转自吉因加科技微信订阅号' ~3 Z- F$ u, E1 o& F8 Q8 c: e. T
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